明朝万历年代,倭寇被杀死后天下太平。霜叶城有4大江湖望族,任何一个人要想在这儿开宗立派,务必通过这些人同意。有一个神密的青年人和他伙伴二人拿着类似于“倭刀”的武器赶来对战,不光被4大望族的掌门避而不见还惹来这些人的抓捕。倭寇袭来的讯息传播开来,江湖的人、官府士兵竞相陷入这一场争斗。伴随着抓捕的进行,武林第一大神再出江湖,官府士兵、4大望族和花船舞娘掩藏于世的小秘密被逐个破解,而青年人豪侠跟他的伙伴也因梦想目标发生了争吵。这两个神秘人物到底是谁呢,这类古怪的武器掩藏着什么秘密,4大望族抓捕这些人的真实原因是什么,再出江湖的武林第一大神又有什么样的苦衷,陷入这一场江湖纷争的4路人马最后怎样破解相互之间的蹊跷纠葛?江湖中一段寻找倭寇足迹的江湖故事从此进行……
《倭寇的踪迹》走黑色幽默风,一大群武术高手的对战,添加了冷幽默与黑色特点,令人看到了1个丑态百出的江湖,欢笑声之后,发觉导演在片里是许多看法掩埋在这其中,搭配着历史事实,1部《倭寇的踪迹》完全是在刷新过去武打电影的招数,这部影片的动作注重踏踏实实,武功在片里不是上下翻飞,更没什么威压协助。故事情节上的周密与精致也非以往的许多武打电影可比较。