《狄公灭鼠》说的是并州城牢房塌陷、突发性鼠灾,衙役被鼠群围堵自杀身亡,死囚被拘押做隐秘试验,城中心名中医妄求父母官整治瘟疫,本地郡守却莫名其妙不当作。大批量群众由于鼠灾而得病,受困城中心,为了更好地拯救同城老百姓的生命,狄仁杰临危授命、查证病原菌,众多案件线索纷繁复杂,鼠灾灾祸刻不容缓,而在一层层迷雾之中,狄仁杰顺藤摸瓜、激浊扬清,连续不断清查病原菌,寻找真相,殊不知伴随着调研的深层次,原先鼠灾身后居然还掩藏着一些不可估量的阴谋诡计。